大宋淳祐七年，钦州灵龙镇灾患频现，民间谣言乃蛟龙作祟，需将童男童女投入锁龙井喂食蛟龙方能得享安宁，家有幼童者皆人心惶惶。一日，新科进士庄严途径此地，闻听此事坚持将童男童女救下，却不想竟意外卷进一宗离奇杀人案而锒铛入狱。灵龙县仵作助手小宛为救心上人，不远千里求请已金盆洗手的宋慈出山查明真相。案件疑点重重，宋慈和小宛联手，突破重重难关，终于真相水落石出。然而眼看灵龙镇逐渐恢复平静，宋慈却发现原来真相并没有他想象中那么简单……

因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及熟悉验尸的马贵相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为仵作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县，后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。假宋翊感到彩蝶是他的负担，故设计陷害。其奸险面目渐渐表露，但他每次行凶时均非常谨慎，都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际，意外地发现了真宋翊的尸体，经过艰苦地调查取证，在唐思和聂枫的帮助下，最终惩戒了凶手，伸张了正义。

宋慈命犯天煞孤星，本以为就此孤独终老。然而天无绝人之路，绝境逢生的他不仅自此平步青云，当上了提点刑狱司，还娶了两位貌美如花的夫人唐思和聂枫。宋慈好不得意，以为命中天煞孤星自此破解。在携带两位夫人一起前往谭州任职途中，路经兴隆府恰巧遇上了一起凶案。兴隆府尹得知大名鼎鼎的提点刑狱司宋慈路经此处，于是请他出手帮忙破案。宋慈仗义出手，岂料两位爱妻竟因此葬身火海。万念俱灰的宋慈于是辞官归隐，回乡途中所搭乘的船只又碰上了暴风雨，宋慈跌入了怒海中。一日，松山县捕快展杰在沙滩发现了奄奄一息的宋慈，于是将他送往了当地的义庄。守义庄的阿虫在偷宋慈身上的玉佩时意外令他恢复了知觉。随后，专门替死人化妆的玉珠和阿虫返回时看见宋慈拿着刀走向一名女尸，以为他有什么不轨行为，于是上前阻止。原来宋慈竟是为女尸接生！于是，宋慈在松山县又开始了一幕幕精彩的洗冤实录。